است . او در اين كتاب ، سعى دارد به اهميت تعقل در دين از يك سو و پرهيز از خردگرايى افراطى و تعبدگريزى از سوى ديگر توجه داده ، نوعى عقل دينىتعريف نمايد و آن را در نقش بستر دين دارى به عنوان مبنا و اساس كتاب خود برگزيند . 2 . كتاب فضل العلم : اين كتاب با تأكيد بر تفقه در دين و پرهيز از راه‌هاى غير يقينى و گمان‌آور به نوعى دنباله كتاب عقل و جهل به شمار مىرود . در آغاز كتاب ، برخى رواياتى در فضيلت دانش‌اندوزى آورده و سپس ابوابى را به نهى از اظهار نظر گمانى در مسائل دينى و استفاده از روش‌هاى نامعتبر ، مانند قياس و نتايج برآمده از آن كه پيدايش بدعت در دين است ، اختصاص داده است . در پايان نيز ضمن چند باب ، از كتاب و سنت به عنوان مبنا و اساس فهم دين ياد مىكند . 3 . كتاب التوحيد : اين كتاب از مهم‌ترين بخش‌هاى كافى است كه به موضوعات گوناگون مربوط به شناخت خداوند و صفاتش مىپردازد . بسيارى از عناوين باب‌هاى اين كتاب از مسائل مورد مناقشه متكلمان و فيلسوفان عصر كلينى گرفته شده و روايات مربوط به آن ، ذيل هر يك شناسايى و درج شده است . از همين روى ، گاه عنوان باب در هيچ يك از روايات به‌كار نرفته و در واقع ، درج اين روايت ذيل اين باب از اجتهادات كلينى است . برهان‌هاى مبتنى بر حدوث عالم كه معمولًا در مناظره‌هاى امام صادق عليه السلام به گروه موسوم به زنادقه و دهريون بيان شده ، در آغاز اين كتاب آمده‌اند . سپس احاديث مربوط به شىء بودن خداوند و در عين حال منزه بودن او از جسمانيت كه منشأ اتهام هشام بن حكم به تجسيم و تشبيه بوده است بابى را به خود اختصاص داده‌اند . پس از آن كلينى به مسئله كلام الهى كه محور مجادله‌هاى موسوم به خلق قرآن بين اصحاب حديث و معتزله بوده و نيز مسئله رؤيت خداوند ( كه پاىبندى حنابله به ظواهر آيات و نيز وجود پاره‌اى روايات مورد مناقشه ، عامل پيدايش آن بود ) توجه كرده است . ابواب ديگرى در تقسيم صفات به ذاتى و فعلى ، و بيان ماهيت برخى پديده‌هاى الوهى ، همانند عرش و كرسى ، در ادامه آمده و سپس به بررسى منازعات مربوط به افعال الهى ، از قبيل مسئله بداء ، جبر و اختيار ، خير و شر ، سعادت و شقاوت ، حجت خداوند بر بندگان و دخالت او در هدايت افراد پرداخته شده است .